در «دُرج عقیق» آمده است:
یکی از حوادت تلخ روزگار مرحوم آیت الله العظمی سید ابوالحسن اصفهانی، ماجرای قتل آقازاده ایشان بود. یکی از شاگردان ایشان نقل می کنند:
از جمله خاطرات من در نجف اشرف، قضیّه کشته شدن فرزند مرحوم آقا سید ابوالحسن اصفهانى است. فردى بنام شیخ على قمى، بین نماز مغرب و عشأ، با چاقو به آقا زاده ایشان حمله مى کند که منجر به قتل وى مى شود. در این قضیه، دست آقا سید محمّد پیغمبرى، عموى آیة الله خامنه اى، به خاطر ممانعت و جلوگیرى از قتل، زخمى مى شود.
از این حادثه غم انگیز، دو خاطره عبرتآ موز به یاد دارم: اول چگونگى برخورد حضرت آیة الله آقا سید ابوالحسن اصفهانى با این حادثه: ایشان انصافاً با این حادثه غم انگیز، با متانت و وقار و شکیبایى برخورد کردند. در تشییع جنازه، هنگام نماز، که به مرحوم نائینى تعارف کردند اقامه نماز کنند و... با اینکه شاهد بودم از دیدگانش اشک مى ریخت، ولى تغییرى در حالاتشان و از نظر روحى مشاهده نکردم. دوم جلوگیرى از فتنه: مرحوم آقا سید ابوالحسن اصفهانى، به گونه اى در این حادثه مشى کردند که جلو هر گونه سؤ استفاده و فتنه اى گرفته شد. چون سال پیش از این حادثه، در اربعین حسینى، بین هیأت هاى سینه زنى که از نجف به کربلا رفته بودند، با اهالى آن جا درگیرى هاىی پیش آمده بود و چند نفرى هم از بین رفته بودند، به طور حتم اگر بعد از کشته شدن آقا زاده آقا سید ابوالحسن اصفهانى، دسته ها و هیأتهاى سینه زنى به کربلا مى رفتند. فتنه اى دیگر به وقوع مى پیوست.
آقا سید مرتضى خلخالى، از اعاظم نجف، مى گفت: «چند شب قبل از حادثه قتل، آقا سید ابوالحسن اصفهانى را در خواب دیدم؛ خدمت آقا سید ابوالحسن رسیدم و به ایشان عرض کردم: آقا! امسال، اربعین کجا برویم؟ ایشان در خواب به من فرمود: به زیارت من بیایید!»
وقتى قضیه کشته شدن فرزند آقا سید ابوالحسن اصفهانى پیش آمد، چون مقارن با اربعین حسینى بود، آن سال، نه تنها نجفی ها به کربلا نرفتند که هیأتهاى اطراف هم، براى سر سلامتى، خدمت آقا سید ابوالحسن آمدند. هم فتنه اى پیش نیامد و هم خواب، تعبیر شد.