آیت الله سید علی محقق داماد درباره رابطه دایی بزرگوارشان مرحوم آیت الله العظمی خاح شیخ مرتضی حائری یزدی با مرحوم امام خمینی می فرمودند:
ایشان سال های خیلی زیاد با مرحوم امام رفیق گرمابه و مسجد بودند. بعد هم که نسبت خویشاوندی پیدا کردند و مرحوم آقای حاج آقا مصطفی، داماد ایشان شد. بعد مرحوم امام در جریانات نهضت افتاد. مرحوم آقای حائری در آن قسمت ها کاملا، بلکه یک قدم هم از امام جلوتر بود. اعلامیه های مشترک آقایان را معمولا ایشان می نوشت و همه امضا می کردند. حتی مسئله حکومت را ابتدائاً ایشان مطرح کردند و بعد مرحوم امام. ولی بعد از انقلاب به خاطر شلوغ بازی هایی که شد ایشان ناراحتی هایی پیدا کرد. در مجلس خبرگان به خاطر قضیه مذهب حقه و بعضی جهات دیگر برخورد کرد و یک مقدار کم کم بینشان فاصله شد.
ایشان آدمی بود که انتقادات را صریحا می گفت که برای بعضی ها در آن زمان قابل تحمل نبود. یادم است همان سال های اول و دوم انقلاب آقای آذری دادستان دادگاه روحانیت بود. یک وقت آقای اردبیلی آمده بوده در جلسه ای راجع به بعضی روحانیون ضدانقلاب حرف می زد. آقای آذری گفت: «چه کار می شود کرد با این ها؟ اگر ما بخواهیم با این ها برخورد کنیم باید اول از همه با آقای حاج مرتضی حائری برخورد بکنیم.» بعدها یادم است در فوت ایشان احمد آقا برای تسلیت به خانواده آقا مرتضی به منزل ایشان (همان خانه قدیمی مرحوم حاج شیخ که تعمیر اساسی هم نشده بود) آمد. وقتی از در خارج می شد به رفقایش گفت: «با ایشان با این وضعش چه کار می شد بکنی؟» یعنی هیچ بهانه ای برای برخورد با ایشان نبود.